Guía de instalación de programas en Linux, MacOS o Windows con WSL

Guía para la instalación de programas y la descarga de los archivos necesarios para realizar los Trabajos Prácticos de Génomica y Proteómica - Genómica Funcional sin máquina virtual (en sistemas MacOS, Linux o Windows con el subsistema de Linux instalado).

Para trabajar con el subsistema de Linux en Windows (WSL), deben instalarlo a través del Store oficial de Microsoft buscando la aplicación “Ubuntu”. Luego de la instalación, pueden trabajar a través de una terminal de Ubuntu como si fuera el sistema operativo host, pero sin salir de Windows. Se va a crear un directorio raíz para este subsistema Linux dentro de la misma instalación de Windows, así que pueden poner ahí los archivos que necesitan para trabajar.

Pasos

1. Instalación de miniconda

• Ubuntu/Linux/WSL

  • Descargar el instalador desde el siguiente link: https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  • En la terminal de Linux , ir a la carpeta en donde está el instalador descargado y ejecutar: bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  • Aceptar todas las opciones por defecto durante la instalación (presionando enter) y si les pregunta: “Do you wish the installer to initialize Miniconda3 by running conda init?” poner “yes”.

• MacOS

  • Descargar el instalador desde el siguiente link: https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.pkg
  • Abrir el archivo .pkg y seguir los pasos de instalación.

2. Creación de un environment con conda e instalación de los programas necesarios

• Configurar los canales de conda ejecutando los siguientes comandos en orden:
  • conda config --add channels defaults
  • conda config --add channels bioconda
  • conda config --add channels conda-forge
• Crear un environment de conda para la realización de los TPs que contendrá todos los programas necesarios para realizar los TPs 1 y 3:
  • conda create -n genomica_uade bwa-mem2 fastqc igv samtools kallisto tree trim-galore freebayes parallel qualimap

  Importante: Para utilizar estos programas hay que activar el environment cada vez que se habra una nueva terminal: conda activate genomica_uade

3. Instalación de R y RStudio

• Si no lo tienen instalado, deberán instalar R entrando al siguiente link: https://cran.r-project.org. Tener en cuenta que la instalación requiere hasta 150 MB de espacio de almacenamiento en disco disponible. En el enlace anterior se puede encontrar información sobre el proyecto R, la Fundación R, los lanzamientos de nuevas versiones, documentación, etc.

  Aclaraciones:

  • Si usan el subsistema de Linux dentro de Windows, instalar R directamente en Windows para usarlo ahí con el RStudio para Windows.
  • Para los que tienen MacOS en la página de descarga de R van a ver que las dos primeras opciones de descargas son los instaladores .pkg. La diferencia es que el primero es para los que tengan Mac con procesador Intel y la segunda (que termina en arm64.pkg) es para los que tengan Mac con los nuevos procesadores serie M* (M1, M2, M3). Si tienen procesadores serie M* pueden usar la segunda opción, pero puede ser que haya paquetes que después no puedan instalar debido a que es una arquitectura de procesador nueva y todavía no fueron compilados todos los paquetes para este procesador. Por lo tanto, por ahora se recomienda que instalen la primera opción, aunque diga Intel 64 va a funcionar igual.

• RStudio es el IDE más popular para R, proporcionando una interfaz gráfica limpia y útil para desarrollar código R. Las principales ventajas de este IDE son el panel para obtener ayuda y mostrar gráficos (incluso interactivos), crear documentos RMarkdown y Sweave, entre otros. Para instalar RStudio descargar el instalador adecuado según su sistema operativo desde: https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download . Si utilizan el subsistema de Linux dentro de Windows recuerden usar directamente el programa en Windows .

4. Instalación de paquetes necesarios en R

• Instalaremos todos los paquetes necesarios para la realización de los TPs 4 y 5.

  • Abrir el programa RStudio

  • Instalación de bioconductor

    • Ejecutar el siguiente comando en la consola de R :

      if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
        install.packages("BiocManager")
      BiocManager::install(version = "3.17")
      

  • Instalación de paquetes de bioconductor :

    • BiocManager::install(c("edgeR","tximport","AnnotationHub","ensembldb", "ComplexHeatmap","Glimma","goseq","fgsea","clusterProfiler","biomaRt","pathview"))

  • Instalación de otros paquetes:

    • install.packages(c("dplyr","ggpubr","viridis","circlize","msigdbr"))

5. Descarga de archivos necesarios para los TPs 2, 3, 4 y 5

• Los archivos necesarios para los TPs se pueden descargar de la carpeta “Archivos para los TPs” en la pestaña de “Archivos” del canal general en Microsoft Teams.

Cualquier inconveniente contactar con los docentes.