Genómica y Proteómica/Genómica Funcional - UADE

Trabajos Prácticos 🧬

Docentes 2020:

  • Girotti, Romina
  • Sendoya, Juan
  • Chara, Osvaldo
  • Mariño, Karina
  • Mahmoud, Yamil
  • Bizzotto, Juan

Cronograma 2020

Clase Fecha Aula Labs Detalle Docente Ayudante
1 03/08 Presentación de la materia. Historia del Human Genome Project. Secuenciación de genes y genomas. Oncogenes y genes supresores de tumores. Muestras biológicas humanas: biopsia tumoral y biopsia liquida. Alteraciones genéticas frecuentes en cáncer: mutaciones, deleciones, inserciones, amplificaciones, fusiones y rearreglos. Secuenciación de ADN para análisis de mutaciones puntuales en cáncer. Diferencias entre Hotspot y CGP. Secuenciación de ADN y ARN para análisis de mutaciones en cáncer: Perfilado genómico. Analisis de Reportes de perfilado genómico. RG
2 10/08 10MinFG. Next generation sequencing (NGS): concepto y comparación con los métodos tradicionales de secuenciación. Diferentes tecnologías: Illumina, Ion Torrent, etc. Aplicaciones en salud. Whole Genome Sequencing, Whole Exome Sequencing, Paneles de genes. Metaestructura del genoma. Anotación de genes y secuencias. Genómica evolutiva/poblacional. La variación genética humana: SNP. Aplicaciones de SNP en la biotecnología. Introducción a los servicios de genotificación. ENCODE. JMS
3 17/08 FERIADO
4 24/08 10MinFG. Genómica funcional – Transcriptomica Parte I: Northern blot‐Macroarray‐Microarray. Comparacion de plataformas. Diseño experimental. Los pasos de un experimento con microarrays. Normalización de datos. Control de calidad. Análisis estadísticos y publicación de los datos experimentales. JMS
5 31/08 INF 10MinFG. Genómica funcional – Transcriptómica Parte II: RNA-Seq. Bases de datos de transcriptómica (TCGA) - TP1 - Ensamblado de secuencias genómicas. Analisis de mutaciones usando IGV JMS YM - JB
6 07/09 INF 10MinFG. TP2 - Introducción a las bases de datos genómicas. - TP3 – Análisis de datos de transcriptomica I RG YM - JB
7 14/09 10MinFG. Speakers Invitados. AMGEN. Proteómica: metódos de separación de proteínas en high throughput. Espectrometría de masas: principios y configuraciones. Identificación de proteínas por espectrometría de masas. Modificaciones posttraduccionales. Fosfoproteómica. Metabolómica. RG
8 21/09 FERIADO
9 28/09 INF Interactómica. Protein arrays. Reverse Phase Protein Arrays. Análisis de espectros de masas. Identificación de proteínas por el método de la huella peptídica (Mascot). Modificaciones postraduccionales. STRING (Asociación funcional de proteínas). TP4 - Análisis de datos de transcriptomica II RG YM - JB
10 05/10 Proteómica cuantitativa: DIGE, iTRAQ, Spectral counting. La proteómica en enfermedades.Estructura de proteínas. Bioinformatica aplicada a estudios de estructura de proteínas. Estudios de relación estructura‐función. Modelado de estructuras. Diseño dirigido de drogas. Farmacogenómica. RG
11 12/10 FERIADO
12 19/10 INF 10MinFG. Genómica basada en PANELES en Argentina. Mercado laboral. Speakers invitados. TP5 - Herramientas para el análisis de Ontologías de Genes y Análisis de redes de Interacción de Proteinas. RG YM - JB
13 26/10 INF PARCIAL. TP6 - Métodos de identificación de proteínas por espectrometría de masas RG YM - JB
14 02/11 10MinFG. Introducción a la biología de sistemas. Systems biology, an introduction to quantitative biology. Introduction to mathematical modelling and simulation of small molecules and macromolecules. Molecular dynamics. Particularities: Force fields in molecular dynamics, temperature and pressure baths, water models, links between molecular dynamics and crystallography and NMR. Introduction to mathematical modelling of metabolic and genetic networks. Other biomedical problems studied in systems biology and conclusions. OCH
15 09/11 10MinFG – Gliocobiología y glicómica. Glycomics and biotherapeutics: where do we stand? Introduction to glycans as posttranslational modifications of proteins and their relevance in biological activity. Comparison between glycomics and proteomics strategies. Glycosylation in different recombinant expression systems. KM
16 16/11 10MinFG. Aplicaciones de la genómica, transcriptómica y proteómica en investigación traslacional en Argentina. Proteómica en Cáncer de Prostata (JB). Single Cell RNA Seq en cancer (YM) RG YM - JB
17 23/11 FERIADO
18 30/11 RECUPERATORIO/EXAMEN FINAL ANTICIPADO RG
FINAL 21/12 EXAMEN FINAL RG

*La presente guía de trabajos prácticos de Genómica y Proteómica 2020 fue confeccionada por Romina Girotti, Juan Martín Sendoya, Yamil Mahmoud y Juan Bizzotto. El contenido de la guía está organizado para ser utilizado en el contexto de la materia, en conjunto con las clases teóricas dictadas por el equipo docente. Cada uno de los trabajos prácticos cuenta con un protocolo y su bibliografía correspondiente. Las actividades a desarrollar en la presente edición de la materia fueron diseñadas por Romina Girotti (TP2 y TP6), Juan Martín Sendoya (TP1), Yamil Mahmoud (TP3, TP4 y TP5), Juan Bizzotto (TP2 y TP6), Federico Prada (TP5) y Andrea Llera (TP5, TP6). El desarrollo de la máquina virtual estuvo a cargo de Yamil Mahmoud.